Ngày 23 tháng 9 năm 1945, quân đội Pháp bất ngờ đánh úp quân đội Việt Nam tại Sài Gòn-Chợ Lớn. Họ gặp phải sự kháng cự quyết liệt của các lực lượng Việt Minh ở đây, đặc biệt là Liên khu Bình Xuyên do Dương Văn Dương (sau là Thiếu tướng) chỉ huy. Quân Pháp bị bao vây trong thành phố.

Phản ứng của Chính quyền Việt Nam Dân chủ Cộng hòa

Ngay sáng 23 tháng 9, chính quyền Nam Bộ đã họp tại phố Cây Mai, Chợ Lớn. Tham dự có các nhân vật quan trọng như Ung Văn Khiêm, Trần Văn Giàu, Nguyễn Văn Nguyễn, Phạm Ngọc Thạch, Huỳnh Văn Tiểng... Hội nghị nhất trí điện ra Chính phủ Trung ương xin phép được kháng chiến. Hội nghị cũng thành lập Ủy ban Kháng chiến Nam Bộ do Trần Văn Giàu làm Chủ tịch và Ủy ban Kháng chiến Sài Gòn-Chợ Lớn do Nguyễn Văn Tư làm Chủ tịch.

Đến chiều, Ủy ban Kháng chiến Nam Bộ ra tuyên cáo: "Sáng hôm 23 tháng 9, quân Pháp công nhiêm chiếm trụ sở Ủy ban hành chính Nam Bộ và quốc gia tự vệ cuộc. Chúng đã gây đổ máu ở đường phố Sài Gòn... Không lẽ chịu nhục hoài; vì danh dự của dân tộc, chúng ta coi trọng quyền lợi của quốc gia, nên chúng tôi phải đánh điện ra Trung ương xin phép cho kháng chiến..."

Ngày 24 tháng 9, Chính phủ Việt Nam ra Huấn lệnh gửi quân dân Nam Bộ.

Ngày 26 tháng 9, Chủ tịch Chính phủ Việt Nam Hồ Chí Minh gửi thư biểu dương "lòng kiên quyết ái quốc của đồng bào Nam Bộ". Cùng ngày, Chính phủ lại ra lời hiệu triệu kêu gọi nhân dân "Hãy ủng hộ phong trào đấu tranh oanh liệt của đồng bào Nam Bộ". Cùng với đó, chính phủ Việt Nam thành lập các đoàn quân Nam tiến, quỹ Nam Bộ Kháng chiến... và nhiều lần quyên góp ủng hộ, chi viện cho Nam Bộ. Các tướng lĩnh quan trọng được cấp tốc cử vào như Nguyễn Bình, Nguyễn Sơn...

Lực lượng kháng chiến phong tỏa Sài Gòn

Trần Văn Giàu ra lệnh tổng bãi công; sơ tán người Việt khỏi Sài Gòn; cấm bán lương thực, thực phẩm cho Pháp; đặt Sài Gòn trong tình trạng cô lập. Giàu đe dọa sẽ phá hủy Sài Gòn nếu Pháp không bỏ vũ khí, rút lui và công nhận độc lập của Việt Nam Dân chủ Cộng hòa. Các đơn vị Việt Nam dựng các chướng ngại trên đường vào Sài Gòn, ngăn chặn mọi người ra vào trừ người Anh và Mỹ. Họ bắn bất cứ quân nhân Pháp nào xuất hiện. Những rối loạn tại Sài Gòn lan rộng ra toàn miền Nam. Ngoài phạm vi Sài Gòn, trong vùng do Nhật kiểm soát, tình hình hoàn toàn hỗn loạn.[29]

Ngày 26/9/1945, Thiếu tá chỉ huy OSS A. Peter Dewey bị lực lượng Việt Nam bắn nhầm vì tưởng ông là người Pháp. Tin này lan khắp thế giới làm xấu đi hình ảnh Việt Nam Dân chủ Cộng hòa. Thiếu tá OSS Archimedes L.A Patti đang công tác tại miền Bắc Việt Nam nhận xét: "Họ đã giết hại người bạn độc nhất của họ ở Nam Kỳ và chắc chắn những tin này sẽ chẳng đề cao được lý tưởng của họ trước nhân dân Mỹ.".[30] Sau đó Gracey ra lệnh bắt chỉ huy quân đội Nhật Thống chế Bá tước Térauchi vì ông này bất lực trong việc giữ trật tự[31].

Ngày 28/9/1945, tướng Mounbatten triệu tập Gracey và Cédile đến Singapore để nhắc nhở hai người về việc quân đội Anh không được can thiệp vào tình hình chính trị Đông Dương và nhất là không được giao chiến với người Việt. Mounbatten đề nghị nên nối lại thương lượng với các lãnh đạo Việt Nam[32].

Ngày 1/10/1945, Gracey nối lại đàm phán với Ủy ban Hành chính Lâm thời Nam Bộ. Hai bên tạm thời ngừng bắn. Phía Anh nhấn mạnh chính sách trung lập của mình nhưng theo sự thỏa thuận giữa các nước Đồng Minh, Anh sẽ không công nhận bất kỳ sự thay đổi chủ quyền trên bất kỳ lãnh thổ nào đã phải chiếm lại bằng vũ lực trong thời kỳ chiến tranh. Người Pháp yêu cầu trả lại các con tin bị bắt và xác của Thiếu tá Dewey trước khi tiếp tục thương lượng. Phía Việt Nam yêu cầu trước hết Pháp phải công nhận Việt Nam Dân chủ Cộng hòa là nước tự do và độc lập. Người Việt chỉ ngừng bắn với điều kiện Pháp trao trả quyền hành chính tại Sài Gòn cho Ủy ban Hành chính Lâm thời Nam Bộ, lực lượng cảnh sát phải được trao lại cho Việt Nam, quân đội Pháp phải giải giáp và không được đưa quân mới vào, người Pháp phải tập trung vào những khu vực nhất định.[33]

Trong khi thương lượng, Việt Minh đã triển khai quân đội xung quanh Sài Gòn tại các vị trí chiến lược phía Bắc và phía Nam thành phố. Hoàng Quốc Việt vẫn liên lạc chặt chẽ với Ủy ban Trung ương Đảng Cộng sản Đông Dương tại Hà Nội và chỉ thị cho Giàu và Bạch phải chống lại mọi mưu đồ của Đồng Minh nhằm giúp Pháp nắm quyền kiểm soát Sài Gòn. Nếu cần, chỉ sau 24 tiếng Hà Nội sẽ gửi quân tăng viện cho miền Nam. Do lo ngại bị Việt Nam tấn công, phía Pháp yêu cầu Anh can thiệp. Tướng Mounbatten gặp Thạch và Bạch để yêu cầu kéo dài cuộc ngừng bắn thêm 48 giờ. Phạm Ngọc Thạch cho rằng Việt Nam đã độc lập và tất cả những gì còn phải bàn cãi chỉ là quy chế cho nước Việt Nam tương lai. Người Anh trả lời vẫn tiếp tục chấp nhận đối thoại cho đến khi nào có thể đạt được thỏa thuận. Người Việt đồng ý kéo dài cuộc ngưng bắn.[34]

Ngày 3/10/1945, 10.000 quân Pháp (1 trung đoàn bộ binh, 1 tiểu đoàn cơ giới, 1 đội thủy quân) do Leclerc chủ huy đổ bộ xuống Sài Gòn. Ngày 9/10/1945, Pháp Anh ký thỏa hiệp tại Luân Đôn xác định Anh hoàn toàn ủng hộ Pháp trong việc cai trị toàn Đông Dương dưới vĩ tuyến 16. Đêm ngày 10/10/1945, bộ đội Việt Nam tấn công sân bay Tân Sơn Nhất. Lực lượng Việt Nam giao chiến với quân Anh, Pháp tại tất cả các cửa ngõ vào Sài Gòn. Người Anh yêu cầu Nhật hỗ trợ. Nhật đồng ý tham chiến. Lực lượng Anh, Pháp, Nhật đã phá vỡ cuộc phong tỏa Sài Gòn của Việt Nam sau hai tuần chiến đấu liên tục. Ngày 16/10/1945, phía Việt Nam ngừng bao vây Sài Gòn và rút quân về vùng nông thôn do lực lượng Anh, Pháp, Nhật quá mạnh. Không quân Hoàng gia Anh và không quân Nhật tiếp tục ném bom vào các địa điểm đóng quân của Việt Nam.[35]

Phản ứng trước việc Anh dùng quân đội Nhật tấn công lực lượng Việt Minh, tướng Mac Arthur phát biểu: "Nếu có gì đó làm máu tôi sôi lên thì đó là việc tôi thấy các nước Đồng Minh của chúng ta ở Đông Dương và Java sử dụng quân Nhật để đàn áp các dân tộc nhỏ bé này mà chúng ta đã hứa giải phóng. Đó là một sự phản bội kinh tởm nhất.".[35]

Ủy ban Hành chính Lâm thời Nam Bộ kêu gọi dân chúng sơ tán về nông thôn và thi hành chiến lược dùng nông thôn bao vây thành thị bằng cách cắt đứt mọi hoạt động thương mại giữa nông thôn và thành thị. Dân chúng trong đó có nhiều nhân sĩ yêu nước theo lời kêu gọi của Ủy ban Hành chính Lâm thời Nam Bộ rời bỏ Sài Gòn và các thành phố khác về nông thôn. Lực lượng kháng chiến tổ chức ra 4 sư đoàn dân quân cách mạng với trang bị chủ yếu là giáo mác, tầm vông vạt nhọn và một ít súng đạn. Ngoài ra còn có lực lượng Cộng hòa Vệ binh và Bình Xuyên. Việt Minh kết tội nhiều lãnh đạo đảng phái quốc gia, chức sắc của các giáo phái, chỉ huy dân quân là Việt gian rồi bắt bớ, thủ tiêu. Lực lượng kháng chiến và cơ quan Quốc gia Tự vệ Cuộc bắt giam và thủ tiêu nhiều nhân sĩ, trí thức và lãnh tụ các đảng phái bị kết tội làm Việt gian hợp tác với Pháp hoặc bị tình nghi là Việt gian. Thậm chí một số nhân viên thừa hành của Ủy ban Hành chính Lâm thời Nam Bộ và một số nhóm kháng chiến còn lợi dụng công vụ để cướp bóc, trấn lột; nếu ai chống đối sẽ bị kết tội là Việt gian rồi thủ tiêu. Tinh thần kháng chiến đi xuống, các đảng phái quốc gia xa lánh Việt Minh và thành lập Mặt trận Quốc gia Liên hiệp.[36] Tháng 12/1945, Nguyễn Bình được cử vào Nam lãnh đạo phong trào kháng chiến tại Nam Bộ. Ông lập lại trật tự bằng cách lập tòa án quân sự xét xử tất cả các chỉ huy quân sự lợi dụng danh nghĩa kháng chiến để cướp bóc, quấy nhiễu dân chúng, tổ chức lại lực lượng kháng chiến thành các chi đội Vệ quốc đoàn.[37]